Desde sus comienzos, la investigación nacional en arroz ha mostrado una muy buena integración con el sector privado. Luego de la reforma del sistema de investigación agrícola y la creación del INIA en 1991, a los mecanismos existentes se incorporan algunos mecanismos formales que contribuyen a mejorar la integración, como los Grupos de Trabajo y Consejos Asesores Regionales. En ellos, productores y técnicos discuten con los investigadores las necesidades del sector y las líneas de investigación.

Las variedades liberadas por el programa de mejoramiento, en la etapa previa y posterior a la creación del INIA, ocupan la casi totalidad del área cultivada del país. Las variedades El Paso 144 (1986) e INIA Tacuarí (1992) han ocupado en los últimos años más de 90% del área, aportando 20% de incremento en el rendimiento sobre las variedades utilizadas anteriormente. Más recientemente se ha liberado la variedad INIA Olimar, de la cual se proyecta un importante crecimiento en área de siembra, cuyo rendimiento es 12% superior al de las mencionadas anteriormente. Esto es complementado con un programa de producción de semillas básicas y mantenimiento varietal que abastece al sector semillerista.

También se ha desarrollado tecnología para el manejo del cultivo, que permite la expresión del potencial de rendimiento de las variedades disponibles, así como su estabilidad frente a condiciones ambientales muy variables. Los estudios de manejo de suelo y tipo de siembra, fertilización con nitrógeno, fósforo, potasio y zinc, riego, control de malezas y enfermedades, han realizado una importante contribución al paquete tecnológico del cultivo en el país, que en la zafra 2003/2004 alcanzó 7.000 kg/ha, así como para la racionalización del manejo y reducción de costos. Los resultados obtenidos también han demostrado la importancia de las interacciones entre los factores de manejo, conduciendo a un enfoque interdisciplinario y de manejo integrado del cultivo. Otro aspecto importante ha estado en la generación de información que demuestra las ventajas de la integración del cultivo de arroz con la ganadería en la sustentabilidad productiva, económica y ambiental. El Programa Arroz también ha sido pionero en el país en los estudios de residuos de agroquímicos en el suelo, agua y grano, como base para el desarrollo de técnicas de manejo racionales.